Στις συλλογές του μουσείου περιλαμβάνονται ευρήματα από τα Γεωμετρικά μέχρι και τα Ρωμαϊκά χρόνια από τις ανασκαφές στον Αετό και στις άλλες θέσεις. Το Μουσείο διαθέτει σημαντική γεωμετρική συλλογή.
Στον προθάλαμο φιλοξενούνται επιτύμβιες στήλες.
Στην πρώτη αίθουσα εκτίθενται ευρήματα από την Πρωτογεωμετρική και Γεωμετρική εποχή (1000 – 700 π.Χ.), κυρίως πήλινα αγγεία, εκ των οποίων μια σημαντική ομάδα αγγείων τοπικού εργαστηρίου, καθώς επίσης χάλκινα και ελεφαντοστέινα αντικείμενα, που αποτελούν είτε εξαρτήματα, είτε αφιερώματα (τάματα).
Στη δεύτερη αίθουσα φιλοξενούνται ευρήματα του 7ου αι. π.Χ. Σε αυτά περιλαμβάνονται πήλινα αγγεία τοπικών και ξένων εργαστηρίων και αρκετά περίτεχνα τελετουργικά αγγεία, ενώ στην οριζόντια προθήκη φιλοξενούνται τα θραύσματα μιας ντόπιας οινοχόης του 7ου αι. π.Χ., στην οποία υπάρχει η αρχαιότερη γνωστή επιγραφή, όπου αναφέρονται οι θεσμοί της Φιλίας και της Ξενίας. Η επιγραφή αυτή είναι έμμετρη σε δακτυλικό εξάμετρο, το μέτρο των Ομηρικών Επών.
Στην τρίτη αίθουσα εκτίθενται ευρήματα από διαφορετικές εποχές και τοποθεσίες. Λίγα ευρήματα προέρχονται από το βόρειο τμήμα του νησιού τα οποία βρέθηκαν σε ανασκαφές του τέλους του 19ου αιώνα και στις αρχές του 20ου. Από αυτά ξεχωρίζουν μια μικροσκοπική χάλκινη προτομή ενός γενειοφόρου άνδρα με κωνικό σκούφο, η οπία σχετίζεται με τον Οδυσσέα και μια επιγραφή του 6ου αι. π.Χ. με γραφή «βουστροφηδόν», στην οποία αναγράφονται τα ονόματα της θεάς Αθηνάς και ΄Ηρας. Ενδιαφέρον παρουσιάζει η συλλογή των πήλινων ειδωλίων, όπως και τα αναθήματα από το ιερό των νυμφών της Μαρμαροσπηλιάς και τα χάλκινα νομίσματα Ιθάκης, στα οποία διακρίνεται η μορφή του Οδυσσέα και η επιγραφή ΙΘΑΚΩΝ. Επίσης στην τρίτη αίθουσα εκτίθεται μια μαρμάρινη ρωμαϊκή προτομή, πρώιμης περιόδου σε φυσικό μέγεθος από το Βαθύ Ιθάκης.
Από τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι:
Δακτυλιόσχημο αγγείο με γωνιώδη τοιχώματα, διακοσμημένο με πυκνές λεπτές ταινίες στις πλευρές του δακτυλίου, διαγραμμισμένα τρίγωνα στο λαιμό και μετόπες με χιαστί στη λαβή. Τέλος ύστερης γεωμετρικής περιόδου.
Αναθηματική επιγραφή που αναφέρει την Αθηνά και την Ήρα από το Σπήλαιο της Πόλης. Ύστερη αρχαϊκή περίοδος.Είσοδος ελεύθερη
Τηλ: 2674032200